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NadRed红色核酸染料是一种EB (溴化乙锭)的升级换代产品，用于凝胶中DNA、RNA等核酸的染色。NadRed具有安全(致突变性极低且检测不到显著的细胞毒性)、灵敏度高、稳定性好等优点，凝胶中的核酸在使用本制品染色后用适当紫外灯(300nm左右波长)检测呈现红色荧光，适用于原先使用EB为染料的凝胶成像系统。

通过凝胶回收试剂盒(如货号：YT010)或酚氯仿抽提，可以有效去除与DNA或RNA结合的NadRed，从而确保不会影响后续的连接、酶切、PCR、测序等常规的分子生物学用途。

• NadRed比EB和SYBR Green更安全。NadRed在远高于其工作浓度范围时均没有细胞毒性及诱变性。艾姆斯氏试验(Ames test)结果表明，NadRed的诱变性远小于EB。EB在多种致突变测试中呈现很强的诱变性，而NadRed仅仅在浓度高达20μg/mL时，并在S9代谢活化时有非常微弱的诱变性。通常NadRed在凝胶中的工作浓度约为2μg/mL，大大低于可导致诱变的浓度。NadRed和百奥莱博的另外一种安全型核酸染料NadGreen，由于它们特殊的化学结构使其难以进入细胞，从而大大降低甚至避免了染料的致突变性和细胞毒性。而SYBR Green染料可以穿透细胞膜，进入活细胞并染色DNA，并且有报道SYBR Green可以强烈增强紫外线诱导的基因突变。
  
• NadRed检测灵敏度高，对于小分子量核酸的染色效果好。NadRed的检测灵敏度比EB高8～10倍，在检测低浓度、微量DNA或RNA方面比EB更佳，尤其对小分子量的DNA检测非常灵敏。在使用浸泡染色法时，NadRed和SYBR Gold的灵敏度相近甚至更高；与SYBR Gold不同的是，NadRed预先配制在凝胶中也有很高的灵敏度。EB对于小分子量核酸的染色效果差，而NadRed对于小分子量核酸的染色效果很好，便于观察酶切或PCR获得的小分子量核酸片段。推荐使用的NadRed浓度，其检测效果略优于EB。如果希望获得更高的染色灵敏度，可以适当提高NadRed的工作浓度。
  
• NadRed的稳定性好，染色重复性高。含SYBR Green的凝胶核酸染色的重复性比较差，这通常是由于SYBR系列染料的稳定性差导致的。而NadRed的稳定性很好，可以室温长时间保存及使用微波炉加热。NadRed的光稳定性良好，可以在室内正常光线下操作而无需避光。由于其热稳定性和光稳定性，含NadRed的凝胶在核酸染色时的重复性非常好。
  
• NadRed可以使用和EB相同的检测体系。NadRed和EB的激发光和发射光都非常接近，可以直接用NadRed替换EB，而不必更换已有的凝胶观察、拍照或成像系统(约300nm激发)。NadRed的激发光谱和发射光谱请参考图1。
  
  图1．NadRed的激发光谱和发射光谱
  
• NadRed的使用方法和EB一致。NadRed可以按适当比例直接加入琼脂糖中配制成凝胶，也可以在电泳完毕后对凝胶进行染色。前者更加方便，而后者灵敏度要更高一些。但由于NadRed本身已经非常灵敏，通常采用把NadRed直接配制在凝胶中就可以了。对于一些特殊情况，如核酸样品量特别少的情况等，则可以考虑电泳后再对凝胶进行染色。
  
• NadRed对于核酸的迁移率影响非常小，小于SYBR Green对于核酸迁移率的影响。

组分	1mL	5mL
NadRed红色核酸染料(2000X)	1mL	5×1mL
说明书	1份	1份

保存：室温，有效期2年。

• 制备好的NadRed琼脂糖凝胶，在4℃避光条件下通常可以保存3～5天。
  
• NadRed琼脂糖凝胶再次熔化使用时，为取得更好的观察效果，需要添加适量NadRed。
  
• 电泳之后的凝胶不建议重复使用。
  
• 电泳后再使用NadRed染色的凝胶一般不需要脱色。如果发现背景太高，可以使用不含核酸酶的水进行脱色处理。
  
• NadRed和NadGreen除了可以染色双链DNA外，也可染色单链DNA和RNA。NadRed对单链核酸的染色灵敏度约为对双链DNA染色灵敏度的一半。NadRed对单链核酸的染色灵敏度约为NadGreen的5倍。
  
• 如果使用聚丙烯酰胺凝胶，请使用浸泡染色法染胶，并延长染色时间至30分钟～1小时。
  
• 如果观察到条带弥散或者分离不理想，建议使用浸泡染色法染色以确认是否与染料有关。如果浸泡染色法染色后仍然出现类似的问题，说明与染料无关，请尝试以下方法：使用新鲜配制的电泳缓冲液、降低核酸的上样量、降低染料的浓度、降低琼脂糖浓度、选用更长的凝胶、降低电泳电压一倍以上并延长凝胶电泳时间以改善电泳效果、使用更薄的梳齿等。
  
• 本制品兼容常用的电泳缓冲液，例如TAE和TBE。
  
• NadRed不属于有毒有害物质，并通过了环境安全相关测试，相关废弃物无需特殊处理，可以参考常规化学试剂进行处理。

NadRed和EB(溴化乙锭)一样可以根据使用者的偏好或实验目的采用以下方法中的一种：

• 琼脂糖凝胶中添加NadRed
  根据需要配制适当浓度(例如1～3%)的琼脂糖胶液。在琼脂糖完全融解后，适当冷却但又不会使琼脂糖凝固时，按照每100mL胶液加入50μL NadRed的比例(2000:1)加入NadRed。混匀后即可把琼脂糖胶液倒入制备凝胶的模具中。适量的DNA或RNA在该胶中电泳后，在紫外灯下可以观察到明亮的核酸条带。
  说明：NadRed非常稳定，所以NadRed可以像EB一样在琼脂糖凝胶液加热融解后但未凝固前加入并混匀，也可以在琼脂糖融解前加入，然后再微波炉加热融解并混匀。
  
• 电泳完毕后对琼脂糖凝胶染色
  按照每100mL 100mM NaCl溶液或水中加入100～200μL NadRed的比例(500～1000:1)加入NadRed，配制成NadRed染色液。把电泳完毕的琼脂糖凝胶放到适当的容器中，加入适量上述配制好的NadRed染色液，确保至少盖住凝胶。在摇床上缓慢摇动(约30～50rpm)染色20～30分钟。染色时间根据胶的厚度而定，胶厚则染色时间需要长一些，胶薄则染色时间可以短一些。染色完毕后，在紫外灯下即可观察核酸条带。要观察到更为清晰的条带，可以在染色后用水漂洗1～2次，每次3～5分钟，以消除背景，然后在适当紫外灯下或用凝胶成像系统观察。NadRed染色液可以重复使用3次左右。NadRed染色液也可以一次大量制备，在室温下避光保存，直至用完。对于核酸需要回收的情况，操作过程中需要注意避免核酸酶污染。

附录1．如何快速鉴别EB(溴化乙锭)和NadRed
由于EB和NadRed溶液颜色相似，在核酸染色后又采用相同的检测系统进行检测，所以除了使用液相色谱-质谱(LC-MS)技术鉴定分子量外，特别需要有一个快速区别EB和NadRed的简单方法。我们研究发现通过固定发射波长、扫描激发波长的方式，可以快速鉴别EB和NadRed。如图2，固定发射波长为600nm，240～360nm扫描激发波长。可以发现在没有核酸的情况下，不同浓度的EB本身可以在300nm处有激发最高峰，整体扫描图谱非常清晰(图A)，与在有核酸(如质粒)的情况下也基本一致(图B)；而NadRed在没有核酸的情况下，本身很难被激发，即荧光背景非常弱，虽然在250～300nm有一定的激发峰，但不是很明显(图A)，与在有核酸(如质粒)的情况下形成鲜明的对比(图B)。最为明显的是，在没有核酸的情况下，EB本身的荧光强度大大高于NadRed。这样就可以通过简单的荧光检测来区分EB和NadRed了。

图2．对于EB、NadRed及各自与质粒的混合物，固定发射波长为600nm，在240～360nm范围内进行激发波长扫描。
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